Cardcaptor Sakura феновете добре осъзнават разликите между края на мангата и края на анимето, които, макар и не драстични, все още бяха значителни. Не е необичайно манга серия да има адаптация, която се отклонява от изходния материал.
Независимо от точните причини, най-забележителната разлика между Cardcaptor Sakura манга и аниме завършвания са как са изобразени взаимоотношенията между героите и последователността на определени събития. Плюс това, развитието на някои от страничните герои също беше пропуснато от адаптацията на аниме.
В анимето Сяоран признава чувствата си към Сакура веднага след последната битка с Ериол. Той и Сакура са неудобни един към друг, докато майка му не му се обади обратно в Хонконг изпълнява другите си задължения . След като Сакура разбира, че той си отива, тя плаче в стаята си - където неволно създава Картата на надеждата. Тя среща Сяоран на летището и той й дава мечката, която е направил по-рано през сезона. Едва във втория филм Сакура ще успее да върне чувствата на Сяоран, когато си помисли, че Картата за нищо не е премахнала чувствата му към нея.
В мангата изминава известно време, преди Сяоран да признае чувствата си пред Сакура в Penguin Park, където също й казва, че трябва да се върне в Хонг Конг. Сакура търси съвет от приятелите си и го прави мечка, преди да изтича да се срещне със Сяоран, преди автобусът му да тръгне. Тя гони автобуса му, докато той се отдръпва и е в състояние да му даде мечката и да признае чувствата си. След това историята започва две години по-късно, където Сяоран се завръща да живее в Япония и той и Сакура вдигат връзката си. Това е където Clear Card Arc взима заедно с всички, които започват средно училище заедно, и Акихо се премества в Томоеда.
Взаимоотношенията между Сяоран и Сакура, които се изследват допълнително, не са единствената направена промяна. След битката му със Сакура, Ериол дава на баща й половината от силата си, за да може Сакура да бъде по-могъща. Това е така, защото и Фуджитака, и Ериол са две половинки от душата на Клоу Рийд. Поради това Фуджитака вече е в състояние да види духа на починалата си съпруга Надешико, точно както би могъл синът му Туя. Анимето не обяснява нищо от тази ситуация. Също така, Eriol и Kaho Mizuki започват романтична връзка в мангата, която не е призната в анимето. Плюс това Рика се сгодява за Терада, а Чихару и Ямадзаки продължават отношенията си заедно.
Тоя и Юкито все още са приятели, а Тоя и Юе са приятелски настроени един към друг. Магическите способности на Туя бавно се връщат към него, след като ги е дал на Юе, когато Сакура не е бил достатъчно силен, за да поддържа магията му, и той е започнал да развива нови способности, в които не се впуска. Юкито е наясно и с другата си самоличност като Юе. Подсказва се, че Туя и Юкито са гаджета.
Самюъл Смит императорски стаут
Много от връзките в мангата са по-конкретизирани, предлагайки разширен поглед върху това как продължават да растат и процъфтяват. Ако феновете на Cardcaptor Sakura аниме бяха любопитни да проверят мангата, научаването на повече за начинаещите отношения със сигурност е солидна причина.
