Атлантида атакува беше основен кросоувър на Marvel през 1989 г., изправяйки армиите на Атлантида срещу повърхностния свят в таен план да донесе една от най-опасните заплахи на Marvel за Земята-616. И въпреки че денят беше спасен в основната реалност, съществува свят, в който сюжетната линия се обърна срещу героите - и всеки един герой умря в последвалата битка.
В Атлантида атакува , Гахур (един от Девиантите) успя да създаде ново тяло и се опита да призове разрушителния бог Сет в ядрото-Марвел Вселена. Работейки заедно с Llyra (кралица на Лемурия) и Attuma (тогавашният крал на Атлантида), той води война срещу човечеството, отчасти като крайно разсейване към другите си цели: сред тях сглобяване на мощен мистичен артефакт, известен като Змийската корона, улавяне на Set Седем булки (Жан Грей, Кинжал, Буря, Тя-Хълк, Алена вещица, Андромеда и Невидимата жена), за да могат да бъдат импрегнирани с децата на Сет - и дори да жертват голяма част от Атлантида. Героите имаха няколко победи срещу Гахур, като една от малкото всъщност идваше от ръцете на Карателя и Лунния рицар - който предотврати разпространението на наркотик, превърнал хората в послушни човеци-змии.
Ghaur в крайна сметка е в състояние да призове Set to Earth, но Thor, Doctor Strange, Quasar и Thing са в състояние да се изправят срещу звяра челно и да го държат встрани, докато другите герои спасяват булките. Денят е спасен и Сетът е спрян да достигне Земята. Но това не беше така в една от най-трагичните реалности на Marvel - която беше разкрита в Какво ако? # 25 от Джим Валентино, Рик Левинс, Ралф Кабрера и Брад К. Джойс. В тази реалност ключът към поражението беше преждевременната смърт на Намор, неуспехът на Карателя и Лунния рицар да спрат разпространението на лекарството и в крайна сметка отказът на Атум да овласти Тор. Битката срещу Сет се разпада бързо, без усилването на мощта на Тор - позволявайки на Квасар да бъде взривен в дълбините на тъмното измерение на Сет и тъмният бог да погълне Нещото.
Обръщайки цялото си внимание към Доктор Стрейндж, Сет поразява и унищожава Вълховния магьосник. Скоро Сет пробива Земята и принуждава Отмъстителите да се оттеглят - незабавно убивайки Звяра, Осата, Ханк Пим, Гахур и Lllyra. Останалите членове на Отмъстителите и Фантастичната четворка се опитват да нападнат Лемурия, но Сет използва възможността да унищожи града - убивайки почти всички присъстващи герои, освен за Тор. Булките остават у него, които са изцяло под негов контрол. Скоро Сет насочва цялото си внимание към Земята, като водопроводът е отровен, за да може да се обърне всичко на човечеството в лоялни змийски хора за неговото управление. Тор е в състояние да събере последните герои и злодеи, които благодарение на своите сили са имунизирани срещу лекарството - Върколак, Саблезъб, Хълк, Доктор Дум, Феникс, наметало и Водолей.
Групата се впуска в отчаяна последна мисия, надявайки се поне да доведе до края на Сет и да предотврати раждането на децата му - което след това би могло да обрече други реалности в мултивселената. Докато повечето от героите се надпреварват към Ню Йорк, Тор - заедно с Финикс, Доктор Дум и в крайна сметка върнатият Квазар и Сребърния сърфист - се изправят челно срещу Сет. Всеки от тях пада на свой ред, докато Квасар - използвайки окото на Агаммото на Доктор Стрейндж - не успее да се хване в капан и да се зададе в джобно измерение. Накрая успяват да победят и сдържат съществото, макар и с голяма цена. Наземният екип обаче е далеч по-малко успешен в своята мисия. Въпреки че правят бърза работа на корумпирания Spider-Man, Daredevil, X-Men и New Mutants, пристигането на булките превръща битката.
Storm използва осветление, за да намали Sabertooth до скелет, докато Scarlet Witch превръща Wolverine в антиматерия, която да се използва като човешка бомба срещу Aquarian. Кинжал, Буря и Алена вещица завладяват наметалото и го унищожават, докато Алената вещица принуждава Хълк да се върне към (далеч по-смъртния) Брус Банер. Сега послушното човечество - всички преобразени в змийски хора - може само да изчака, докато булките в крайна сметка ще родят синове на Сет - които от своя страна изяждат своите майки и останалата част от човечеството, преди да се впуснат в мултивселената, за да завладеят други реалности. Това е една от най-мрачните реалности на Marvel, с бруталната смърт на всеки отделен герой на Marvel, водеща до нова и чудовищна многостранна заплаха. Това е лесно една от най-мрачните истории на Marvel и напомняне колко близо героите винаги могат да бъдат победени.
