The Трансформатори филмовата поредица беше повратна точка в кариерата на Меган Фокс. Това беше най-голямата роля, която тя получи в процъфтяващия си път към звездата и изглеждаше, че това ще я доведе до постоянно класиране в списъка на Холивуд. Фокс обаче напусна франчайза след втория филм.
Фокс изигра Микаела Бейнс, любов към него Сам на Шиа ЛаБеф в режисирания от Майкъл Бей филм. Двамата се биха рамо до рамо с автоботовете, когато злите десептикони напуснаха родната си планета и заплашиха благосъстоянието на Земята. В края на втория филм Микаела и Сам заявиха любовта си един към друг. Но от Трансформърс: Dark of the Moon , Сам излизаше с ново момиче на име Карли (Роузи Хънтингтън-Уайтли), а характерът на Фокс отсъстваше.
Майкъл Бей никога не е имал страхотна репутация на холивудски режисьор; той е обвинен, че е излишно взискателен с актьорския състав и екипа на всеки набор. В интервю от 2009 г. с Списание Wonderland , Фокс позорно продължи записа и взриви Бей. Тя заяви пред изданието, че Бей иска да увековечи взискателната му репутация и е подложен на снимачна площадка, стигайки дотам, че го сравнява с Хитлер. Според Космополитен , Спилбърг , който беше продуцент на Трансформатор сериал, хвана вятъра на коментара и предлага Бей да я уволни.
През 2011г GQ промотиране на интервю Тъмнината на луната , режисьорът отговори на нейните коментари, като по същество ги отстрани. Той каза, че Фокс обичал да издига хората и винаги го правел по грешен начин. Бей се защити, заявявайки, че просто изисква от актьорите си да се появяват навреме и от време на време да работят дълги дни на снимачната площадка.
След като беше уволнен, Фокс за известно време се превърна в нещо като пария в Холивуд. В Космополитен интервю, Фокс сподели съжалението си за поведението си, като каза, че това е най-ниската точка в кариерата ѝ. Тя беше млада - само на 23 - и вярваше, че нейните действия са справедливи. Но поглеждайки назад, тя казва, че това е огромно учебно преживяване, което насочва кариерата й към съвсем различна траектория от тази, на която е била преди. Вместо да се превърне в A-Lister, който мнозина смятаха, че ще бъде, Fox се зае с по-спокойна кариера. Тя имаше поддържаща роля в На Джъд Апатов Това е 40 и повтаряща се роля в хитовия ситком Ново момиче . Но ако инцидентът с Бей никога не се е случил, възможно е Фокс да е получил повече водещи роли във филми и телевизионни предавания.
Опитът на Меган Фокс просто надрасква повърхността на тъмните елементи на работата в Холивуд - една грешка и актьор може да бъде изгонен. Но сребърната подплата е, че Фокс се е научила от миналото и изглежда в мир с това, в което е кариерата ѝ. По случайност Фокс и Бей продължиха да работят заедно отново, макар и по косвен начин. Фокс се снима в рестартирания Костенурките нинджа филм, който е продуциран от Bay.
